عبر عقود طويلة من البناء أسس دكتور محجوب عمر مكتبة واسعة خاصة بفلسطين ، حيث صارت وجهة للباحثين في كافة شئون القضية الفلسطينية والصراع العربي الإسرائيلي بما تحويه من موسوعات وكتب وترجمات ومراجع وكتب مصوّرة وكتب للأطفال ومخطوطات وغيرها من المؤلفات الخاصة بفلسطين.

بالتعاون مع جمعية أصدقاء أحمد بهاء الدين – قرية الدوير مركز صدفا محافظة أسيوط – تم نقل محتويات المكتبة للجمعية لتتولى مسئولية الحفاظ عليها واستمرار إتاحة هذا الشريان الحيوي للباحثين والمطلعين في الشئون الفلسطينية من أهل الصعيد، حيث وفرت الإمكانيات اللازمة لاستضافة المكتبة من متخصصين في إدارة المكتبات وقاعة للبحث والاطلاع وغيرها من وسائل البحث ، بالإضافة إلى التعاون الوثيق مع الجامعات والمعاهد في محافظة أسيوط والمحافظات المجاورة لخدمة أهل الصعيد.